Diz-se do café produzido de acordo com o sistema de cultivo orgânico, semelhante à vida de um organismo vivo (um sistema articulado, inter–relacionado e complexo) que tem ritmos e limites naturais, que devem ser respeitados para que haja o equilíbrio. Baseia–se no uso mínimo de produtos externos à propriedade e no manejo de práticas que restauram, mantém e promovem a harmonia ecológica do sistema. No Brasil, a instrução normativa nº 7 do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, de maio de 1997 definiu: “considera–se sistema orgânico de produção agropecuária e industrial, todo aquele no qual se adotam tecnologias que otimizem o uso de recursos naturais e socioeconômicos, respeitando a integridade cultural e tendo por objetivo a auto sustentação no tempo e no espaço, a maximização dos benefícios sociais, a minimização da dependência de energias não renováveis e a eliminação do emprego de agrotóxicos e outros insumos artificiais tóxicos, organismos geneticamente modificados transgênicos, ou radiações ionizantes em qualquer fase do processo de produção, armazenamento e de consumo, e entre os mesmos, privilegiando a preservação da saúde ambiental e humana, assegurando a transparência em todos os estágios da produção da transformação”. A grande maioria das propriedades em sistemas orgânicos de produção de café é certificada de acordo com os princípios dessa instrução normativa e segue, portanto, suas bases tecnológicas de produção.